ՀՀ ԱԱՊ կառավարման բարձրագույն մարմինը Համագումարն է, որը գումարվում է հինգ տարին մեկ: Համագումարը հաստատում է պալատի կանոնադրությունը, հինգ տարի ժամկետով ընտրում է պալատի նախագահ և նախագահություն:
Նախագահությունը համագումարների միջև ընկած ժամանակահատվածում ՀՀ ԱԱՊ ղեկավար մարմինն է:Բացի համագումարում ընտրվածներից` նախագահության անդամ են նաև Երևան քաղաքի և մարզերի ԱԱՊ նախագահները, ինչպես նաև ՀՀ ԱԱՊ գործադիր տնօրենը:
Նախագահության նիստերը գումարվում են առնվազն երեք ամիսը մեկ անգամ: Նախագահության որոշումները պարտադիր են կատարման մարզային պալատների կողմից։Մարզային ԱԱՊ նախագահի և (կամ) նախագահության կողմից կանոնոդրական պահանջները չկատարելու կամ խախտելու դեպքում ՀՀ ԱԱՊ նախագահությունը կարող է որոշում կայացնել տվյալ ԱԱՊ նախագահին և (կամ) նախագահությանը անվստահություն հայտնելու վերաբերյալ։Նախագահի և (կամ) նախագահությանը անվստահություն հայտնելու դեպքում երկու ամսվա ընթացքում անհրաժեշտ է հրավիրել մարզային պալատի արտահերթ համագումար տվյալ պալատի նախագահի և (կամ) նախագահության ընտրություններ անցկացնելու հարցով։
ՀՀ ԱԱՊ նախագահը իրականացնում է պալատի ընդհանուր ղեկավարումը, ներկայացնում է այն հանրապետությունում և օտարերկրյա պետություններում, պալատի անունից կնքում է պայմանագրեր, համաձայնագրեր: Նա հանդիսանում է նաև ՀՀ ԱԱՊ նախագահության նախագահը:
ՀՀ ԱԱՊ գործադիր տնօրենը ղեկավարում է Պալատի ընթացիկ գործունեությունը, կազմակերպում է Պալատի նախագահության որոշումների և նախագահի հանձնարարականների կատարումը, Պալատի նախագահության հաստատմանն է ներկայացնում տնօրինության գործունեության ծրագրերի նախագծերը, ինչպես նաև այդ ծրագրերի կատարման մասին հաշվետվությունները: